蛋產出后，通過糞便、墊料很快就感染了病原微生物，德州孵化機廠家提出這些病原微生物的繁殖速度很快，新生蛋的蛋殼表面細菌數約200個，15分鐘后約550個，一小時后約4500個。德州孵化機廠家提醒種蛋更容易受到細菌的污染。受到污染得種蛋不僅影響孵化率，更會污染了孵化機和用具，傳染各種疾病，因此德州孵化機廠家建議蛋產出后除及時收集種蛋，還要進行消毒處理。下面是德州正大孵化機設備總結的幾種種蛋消毒的辦法：
1、取濃度為5％的新潔爾一份，加50倍水，混合均勻即可配制成千分之一的溶液。注意在使用新潔爾滅溶液消毒時；切忌與肥皂、碘、高錳酸鉀和堿并用、以免藥液失效。將種蛋排列在蛋架上，將配好的新潔爾滅溶液噴霧在蛋的表面。
2、，室內溫度保持在25～27℃，相對溫度為75～80％，用密封良好的消毒柜，30毫升40％的甲醛溶液、15克高錳酸鉀，熏蒸20～30分鐘，德州孵化機廠家提出這種方法對外表清潔的蛋消毒效果較好。不過消毒時產生的氣體具有刺激性，在使用時應注意防護，避免接觸人的皮膚或吸入。

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